Upravit stránku

Navržen tak, aby Vám pomohl při studiu genové exprese a regulace genů.

Sekvenování transkriptomu pomocí NGS je mocný nástroj pro objevování, kvantifikaci a profilování transkriptů a odhalení struktury a funkce genů.

Jaký je cíl Vašeho projektu o transkriptomu? Hledáte nezkreslené informace pro základní nebo lékařský výzkum? Nebo analyzujete metabolické cesty s cílem zlepšit výrobní procesy?

V závislosti na požadavcích projektu, GATC Biotech nabízí tři balíčky:

InView™ Transcriptome EXPLORE, ADVANCE a DISCOVER

Produkty InView ™ Transcriptome nabízejí standardní řešení, které je vhodné pro nejrůznější projekty sekvenování transkriptomu. Navíc, hrubá data jsou zpracována v rámci bioinformatické analýzy a shrnuty do zprávy, která poskytuje výsledky v jasné a srozumitelné formě.

Balíčky jsou optimalizované pro Vaše požadavky, umožňují identifikaci běžných i vzácných transkriptů, analýzu diferenciální genové exprese, detekci vzácných a nových transkriptů, sledování alternativního sestřihu, stejně jako informace o orientaci a struktuře Vašeho transkriptu (řetězec- specifické informace).

Pokud ani nabízené produkty nejsou dostatečně flexibilní pro Váš projekt, máme pro Vás jednoduché řešení. Dle vašich požadavků adaptujeme balíčky, tak aby vyhovovaly Vašim projektům. U projektů bez referenčního genomu, de novo sekvenování transkriptomu na základě PacBio RS II nebo MiSeq technologie mohou být přidány.

Tři standardní InView™ Transcriptome produkty optimalizované pro vaše požadavky

1. InView™ Transcriptome EXPLORE 

  • cDNA knihovny (náhodné primery) pro sekvenování s technologií Illumina
  • 50 bp jednosměrné čtení
  • 30 milionů garantovaných čtení

Atraktivní balíček pro získání celkového přehledu. S tímto balíčkem lze detekovat 50% exprimovanýchgenů. PROZKOUMEJTE geny, které jsou exprimovány v daném čase a za určitých podmíneka porovnejte hladiny exprese transkriptů z různých vzorků. 

2. InView™ Transcriptome ADVANCE 

  • cDNA knihovny (náhodné primery) pro sekvenování s technologií Illumina
  • 50 bp jednosměrné čtení
  • 60 milionů garantovaných čtení

Detekuje transkripty a analyzuje diferenciální genovou expresi POKROČILĚJŠÍM způsobem. Dálesleduje málo exprimované transkripty s vyšším počtem čtení.

3. InView™ Transcriptome DISCOVER 

  • řetězec - specifické cDNA knihovny pro sekvenování s technologií Illumina
  • 100 bp párové-koncové čtení
  • 60 milionů garantovaných čtení


Získáte co nejkomplexnější informace o úrovni RNA exprese, sekvenci a struktuře. OBJEVUJTEvzácné a nové transkripty a identifikujte sestřihové varianty velmi podrobně a s vysokou citlivostípomocí řetězec-specifické RNA knihovny v kombinaci s Illumina 100bp párovým-koncovým sekvenováním.

Cenově dostupná, vysoce kvalitní bioinformatická analýza je k dispozici pro každý balíček, včetně filtrování dat a QC. Podrobnější informace o specifikacích, dodací lhůtě, výstupů, stejně jakoo knihovnách se specifickými transkripty a o dalších pre-sekvenačních službách jsou k dispozici v sekciSlužby a detailní informace.

Nenašli jste vhodný balíček vyhovující Vašim konkrétním požadavkům projektu? Produkty InView ™Transcriptome jsou navrženy ve standardizovaném formátu, tak aby řešily co největší množstvívědeckých otázek. Na požádání, naše standardní balíčky mohou být upraveny pro Vaše konkrétnípotřeby. Jednoduše kontaktujte GATC Biotech a rádi s Vámi budeme diskutovat o projektu. Budeme se snažit najít nejlepší řešení pro Vás.

 
Služby a detailní informace

Produkt

EXPLORE

ADVANCE

DISCOVER

Typ knihovny

random primed cDNA

random primed cDNA

strand-specific cDNA

Výchozí materiál

celková RNA

celková RNA

vysoce kvalitní celková RNA

Technologie sekvenování

Illumina

Illumina

Illumina

Čtecí mode

50bp čtení

50bp čtení

100bp párové-koncové čtení

Garantovaný počet čtení

30M čtení

60M čtení

60M párové-koncové čtení

Dodací lhůta

do 20 vzorků: 12 dní; každý další vzorek:  +5 dní; > 100 vzorků: na vyžádání

do 20 vzorků: 12 dní; každý další vzorek:  +5 dní; > 100 vzorků: na vyžádání

do 12 vzorků: 12 dní; každý další vzorek:  +5 dní; > 96 vzorků: na vyžádání

Vhodné pro …

   

Identifikace transkriptů

+

++

++(+)

Diferenciální exprese

+

++

++(+)

Vzácné transkripty

-

+

+(+)

Nové transkripty

-

-

+

Řetězec - specifické informace

-

-

+

Sestřihové varianty

-

-

+

Další dostupné služby

   

RNA izolace *)

+

+

+

rRNA deplece *)

+

+

+

Bioinformatická analýza

+

+

+

*) v závislosti na zdroji materiálu

 

Typy knihoven 

Široká škála vědeckých otázek může být řešena pomocí našich standardních knihoven pro eukaryota aprokaryota. Eventuelně si můžete vybrat z různých typů knihoven pro specifické aplikace: 

Standardní eukaryotická knihovna
mRNA je obohacena o poly (A) a následně fragmentována. cDNA syntéza se provádí s náhodnýmihexamery.

Standardní prokaryotická knihovna 
Ribozomální RNA se odstraní ribo - deplecí. Náhodné hexamery jsou použity jako primery pro syntézu cDNA.

Řetězec - specifická knihovna

Prokaryotní a eukaryotní organismy s malými genomy mají transkriptom s vysokou hustotou, tj. transkripty jsou velmi často blízko sebe ve shlucích nebo se dokonce překrývají. Navíc některé části genomu mohou být přepisovány v obou směrech, což vede ke vzniku sense a anti-sense transkriptů.

Naše řetězec - specifické knihovny řeší tuto složitou situaci a poskytují informace o směru , a tím výrazně usnadňují identifikaci transkriptů. Kromě toho, také umožňují diskriminaci sense a anti-sense transkriptů, které jsou přítomny i u vyšších eukaryot.

Knihovny s 3' fragmenty

Po fragmentaci RNA je poly (A) + mRNA obohacena. To vytváří knihovnu, ve které je každý transkript zastoupen pouze krátkým 3 ' fragmentem. V tomto typu knihovny může být prováděna velmi hluboká a efektivní analýza exprese.

Knihovna s FFPE RNA

GATC Biotech nabízí izolaci RNA ze vzorků fixovaných formaldehydem a parafinem (FFPE). Optimalizovaný pracovní postup včetně ribo-deplece umožňuje spolehlivou analýzu genové exprese a detekci SNP

Další dostupné bioinformatické služby: 

 

Stanovení úrovně genové exprese

  • Semi-automatické mapování vůči jedné referenční sekvenci
  • Identifikace potenciálních exon-exon sestřihových míst
  • Identifikace a kvantifikace transkriptů
  • Spojení identifikovaných částí do transkriptu plné délky
  • Anotace transkriptů na základě známých anotací
  • Stanovení hladin exprese
  • Párové porovnání hladin exprese a stanovení významných násobných rozdílů
  • Detekce a anotace SNP a InDel
  • Anotace detekovaných SNP a InDel, které jsou registrovány v dbSNP
  • Alokace efektů na úrovni proteinů, které jsou registrovány v Ensembl

Formát dodávaných dat:

  • Alignment soubor (bam)
  • Tabulka genové exprese s hodnotou FPKM (tsv)
  • Kombinovaná tabulka genové exprese všech vzorků (tsv)
  • Tabulka nejvíce exprimovaných genů (tsv)
  • Tabulka párové diferenciální exprese včetně násobných změn a p-hodnot (tsv)
  • Tabulka genů rozdílně exprimovaných v rámci párů (tsv)
  • Tabulky SNP a InDel včetně anotovaných variant a efektů (vcf, tsv, bed)


Izolace RNA
Celková RNA z tkání nebo buněk z eukaryotických nebo prokaryotických organismů je dostatečná k vytvoření knihovny pro sekvenování. Kromě toho lze analyzovat RNA izolovanou z čerstvé tkáně a RNA z FFPE vzorků. RNA z FFPE vzorků je částečně degradována, a proto se nedoporučuje používat poly (A) obohacování. Všimněte si, že obecně vysoce kvalitní RNA vede k větší uniformitě a nezkreslenému pokrytí.

Deplece rRNA
Celková RNA se skládá z více než 90 % ribozomální RNA (rRNA). Účinný způsob, jak oddělit rRNA od mRNA, je ribo-deplece. Ribo-deplece je optimalizovaná pro standardní organismy, kontaktujte nás prosím a zkontrolujte si kompatibilitu s Vaším studovaným organismem.

Nahoru